Σε αντίθεση με την αντιβιοτική χημειοπροφύλαξη η πλήρης αντιβιοτική κάλυψη σημαίνει ότι το παιδί καλύπτεται με ένα ή περισσότερα αντιβιοτικά χορηγούμενα από το στόμα ή ενδοφλεβίως με σκοπό την εκρίζωση του μικροβίου ή των μικροβίων που προκάλεσαν κάποια λοίμωξη στο παιδί.
Η πλήρης αντιβιοτική κάλυψη χρησιμοποιείται επίσης και με προληπτικό σκοπό, όταν χρειάζεται να γίνει κάποια επεμβατική εξέταση. Για παράδειγμα, όταν πρόκειται να γίνει η κυστεοουρηθρογραφία ούρησης το αντιβιοτικό χορηγείται σε θεραπευτική του δόση (όχι προφυλακτική), από το στόμα, δύο ημέρες πριν την εξέταση, την ημέρα της εξέτασης και δύο ημέρες μετά την εξέταση. Μετά το αντιβιοτικό ή θα πρεπει να διακοπεί ή να συνεχιστεί σε προφυλακτική δόση (εάν το παιδί βρισκόταν σε προφυλακτική αγωγή με αντιβιοτικό και πριν την εξέταση).
Οι εξετάσεις όπως η βιοψία του προστάτη, η απλή ουρηθροκυστεοσκόπηση και πολλές άλλες επεμβατικές εξετάσεις που στα παιδιά πάντοτε γίνονται με γενική αναισθησία (νάρκωση) καλύπτονται με αντιβιοτικά σε πλήρη θεραπευτική δόση, χορηγούμενα συνήθως ενδοφλεβίως. Αυτό ουσιαστικά αποτελεί βραχεία χημειοπροφύλαξη της χειρουργικής πράξης.